এ ক্ষেত্রে প্রতিষ্ঠানপ্রধানকে সংশ্লিষ্ট প্রতিষ্ঠানের এমপিও কার্যক্রমে ব্যবহৃত আইডি ও পাসওয়ার্ড দিয়ে ইএমআইএস (EMIS) সিস্টেমের এমপিও–ইএফটি মডিউলে লগইন করে বিল সাবমিট করতে হবে। প্রতিটি এমপিওভুক্ত শিক্ষক-কর্মচারীর জন্য বিধিমোতাবেক প্রাপ্য এমপিও অর্থ নির্ধারণ করে পৃথকভাবে বিল দাখিল করতে হবে। প্রতিষ্ঠানপ্রধানের দাখিল করা তথ্যের ভিত্তিতেই ইএফটির মাধ্যমে সংশ্লিষ্ট শিক্ষক-কর্মচারীদের ব্যাংক হিসাবে অর্থ পাঠানো হবে।

নির্দেশনায় আরো উল্লেখ করা হয়, কোনো শিক্ষক-কর্মচারী মৃত্যুবরণ, পদত্যাগ, সাময়িক বরখাস্ত বা অনুমোদনহীন অনুপস্থিতির কারণে আংশিক কিংবা সম্পূর্ণ বেতন কর্তনের প্রয়োজন হলে তা বিল সাবমিটের সময় যথাযথভাবে উল্লেখ করতে হবে। সংশ্লিষ্ট মাসে বিধিমোতাবেক প্রাপ্যতা নির্ধারণ করেই বিল দাখিল করতে হবে। ইএফটির মাধ্যমে এমপিও অর্থ প্রেরণের ক্ষেত্রে প্রতিষ্ঠানপ্রধানের দাখিলকৃত তথ্যই চূড়ান্ত হিসেবে বিবেচিত হবে। ভুল তথ্যের কারণে বেতন প্রেরণে জটিলতা বা অতিরিক্ত অর্থ পাঠানো হলে এর দায়ভার সংশ্লিষ্ট প্রতিষ্ঠানপ্রধানকে বহন করতে হবে।