এ নির্বাচনে জামায়াত নেতৃত্বাধীন ১১ দলীয় জোটের প্রার্থী কর্নেল (অব.) অলি আহমদকে পরাজিত করে বিজয়ী হন বিএনপির প্রার্থী মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর। মোট ৩৪৩টি বৈধ ভোটের মধ্যে মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর পেয়েছেন ২৫৫ ভোট, আর কর্নেল (অব.) অলি আহমদ পেয়েছেন ৮৮ ভোট।

সিইসি ও নির্বাচনি কর্তা এ এম এম নাসির উদ্দিন বলেন, রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে মোট ভোটার ছিলেন ৩৪৯ জন। এর মধ্যে ভোট দিয়েছেন ৩৪৩ জন। অব্যবহৃত ব্যালট ৬টি। বিভিন্ন ত্রুটির কারণে আইনের মধ্যে থেকে ৪টি ব্যালট রিপ্লেস করা হয়েছে। নির্বাচনে কর্নেল (অব.) অলি আহমদ পেয়েছেন ৮৮ ভোট এবং মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর পেয়েছেন ২৫৫ ভোট।

এ সময় সিইসি দেশের ২৩তম রাষ্ট্রপতি হিসেবে মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীরের নাম ঘোষণা করেন।

এরপর মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীরকে লাল গোলাপ দিয়ে শুভেচ্ছা জানান প্রধানমন্ত্রী তারেক রহমান। এরপর বিরোধী দলীয় নেতাসহ অন্যান্য সংসদ সদস্যরা নতুন রাষ্ট্রপতিকে একে একে শুভেচ্ছা জানান।

ভোটগ্রহণ প্রক্রিয়া চলাকালে সংসদ সদস্যরা নিজ আসনে বসে পূর্ণ নাম স্বাক্ষর করে ব্যালটের মাধ্যমে পছন্দের প্রার্থীকে ভোট দেন। সংসদ সদস্যদের মধ্য থেকে প্রথম ভোট দেন ভারপ্রাপ্ত রাষ্ট্রপতি হাফিজ উদ্দিন আহমদ। এরপর ভারপ্রাপ্ত স্পিকার ব্যারিস্টার কায়সার কামাল ও প্রধানমন্ত্রী তারেক রহমানসহ অন্যান্য সংসদ সদস্যরা ভোট দেন।